Mehr als 3100 Inkunabeln besitzt die Universitätsbibliothek Würzburg. Damit steht sie trotz größerer Kriegsverluste 1945 heute noch immer an sechster Stelle unter den deutschen Bibliotheken, deutlich vor manch anderen renommierten Namen der Bibliothekswelt. Die Würzburger Inkunabeln stammen zum größten Teil aus Klosterbesitz. Fast alle tragen noch ihren Originaleinband. Sie gelangten fast durchwegs durch die Säkularisation (Verstaatlichung der kirchlichen Besitztümer) 1803 in die Universitätsbibliothek. Darunter sind auch zwei Exemplare des Breviarium Herbipolense (Würzburger Brevier, Texte für das Stundengebet), das 1479 im Auftrag des Fürstbischofs Rudolf von Scherenberg als erstes Buch in Würzburg gedruckt wurde und weltweit nur noch in 6 teils unvollständigen Exemplaren erhalten ist. Das bekannteste Druckwerk der Inkunabelzeit, die Schedelsche Weltchronik mit ihren bekannten Städtebildern, ist in mehreren Ausgaben in deutscher und lateinischer Sprache vorhanden. Ein unscheinbares kleines Büchlein, das Heiltum zu Würzburg, listet mit Holzschnitt-Abbildungen die als Reliquien betrachteten Stücke des Domschatzes auf.

Die Inkunabelsignaturen der UB bestehen aus der abgekürzten lateinischen Bezeichnung für „Incunabula typographica“: I.t. Darauf folgt das Format des Buches (f. = folio, q. = quart, o. = oktav) und eine Zahl. Arabische Zahlen bezeichnen Inkunabeln, bei denen das Druckjahr im Buch angegeben ist; römische Zahlen bezeichnen undatierte Drucke. Daneben gibt es noch die Signatur „Inc.“, ebenfalls mit Formatangabe und Nummer. Diese Inkunabeln sind erst nach 1945 in die Sammlung eingereiht worden.

Nachgewiesen sind die Würzburger Inkunabeln in einem gedruckten alphabetischen Katalog (Ilona Hubay: Incunabula der Universitätsbibliothek Würzburg, Wiesbaden 1966). Dieser Kurzkatalog ist in weiten Teilen überholt. Daher erfolgte 2006-2010 eine Neukatalogisierung der Inkunabelsammlung und schließlich die Überführung der aktualisierten Metadaten in die Virtuelle Bibliothek Würzburg und in das Tübinger Inkunabelportal INKA. So sind nun vielfältige Recherchemöglichkeiten zu jedem einzelnen Inkunabel-Exemplar mit seinen spezifischen Besonderheiten wie individueller Ausstattung (Buchmalerei), handschriftlichen Einträgen, Binding und Herkunft gegeben. Ebenso sind die in vielen Fällen beigebundenen Handschriften und Frühdrucke sowie die vorgefundene Makulatur (z.B. als Bindingmaterial verwendete Urkunden und Handschriftenfragmente) erfasst und recherchierbar. Die Verknüpfung mit Digitalisaten wird folgen.